تاسست جامعة النيلين كاحد ثمرات ثورة التعليم العالي التي فجرتها ثورة
الانقاذ الوطني والتي كان من معطياتها إنشاء جامعة بديلة تحل محل جامعة
القاهرة فرع الخرطوم وذلك بموجب القانون المنشأ لها سنة 1993م.
في الأونة الأخيرة شهدت الجامعة تطورا كميا ونوعيا هائلا لم يسبق له مثيل في تاريخ التعليم العالي في السودان حيث شمل ذلك التطور التوسع الأفقي في كليات الجامعة ووحداتها الاكاديمية فمن ثلاث كليات ( الآداب والحقوق والتجارة ) وتخصصات محدودة كانت تمثل نواة كلية العلوم في جامعة القاهرة فرع الخرطوم، أنشئت تسع كليات جديدة شملت معظم فروع المعرفة النظرية والتطبيقية حيث بلغ عدد البرامج التخصصية في مرحلة البكلاريوس 48 برنامجا كما بلغ عدد برامج الدبلوم الوسيط 18 برنامجا ذلك بالإضافة إلى برامج الدبلومات العليا والماجستير بنظام المقررات ونظام البحث ودرجة الدكتوراه وتفصيلا لما أجملنا في مضمار التوسع والتطوير فقد أضيف إلى كلية الاداب أقساما جديدة تضم تخصصات : ( اللغة الإنجليزية - اللغة الفرنسية - علم النفس - الدراسات الإسلامية - المكتبات والوثائق ) وشمل التطوير كذلك كلية التجارة التي تضم في الوقت الحاضر مدرستان هما : مدرسة الدراسات التجارية بأقسامها ( الاقتصاد - الاجتماع - العلوم السياسية ) أما كلية العلوم فقد طورت مناهجها فأصبحت كلية العلوم والتقانة وتتكون من خمس مدارس : مدرسة علوم الحياة - مدرسة التقانة الحيوية - مدرية الكيمياء والتكنولوجيا الكيميائية - مدرسة علوم الأرض التطبيقية - مدرسة الفيزياء والفيزياء التطبيقية ، وتقوم تلك المدارس بتنفيذ 19 برنامجا تخصصيا وحسب المخطط المعتمد فإن المدارس المشار إليها سوف ترفع في المستقبل إلى كليات مستقلة وفقا لدواعي التطور وتلبية لاحتياجات التنمية بالبلاد
