أسس قسم التحكم بكلية الهندسة جامعة النيلين في العام 1997 وتخرجت أول دفعة في العام 2002 ويقدم القسم البرامج ذات الصلة بهندسة التحكم الآلي والأتمته الصناعية. الدرجات العلمية التي يمنحها القسم: 1. درجة البكالوريوس مع مرتبة الشرف في هندسة التحكم. 2. درجة الماجستير بالمقررات والبحث التكميلي. 3. درجة الماجستير بالبحث. 4. درجة الدكتوراة بالبحث.