يعتبر قسم الكيمياء من الأقسام الرائدة بجامعة النيلين - كلية العلوم والتقانة ويمتاز خريجوه بالكفاءة العالية في جميع مجالات الكيمياء المختلفة. 
تأسس قسم الكيمياء بهذا المسمى في العام 1991 كأحد أقسام كلية العلوم  حيث تخرجت اول دفعة في العام 1996  ثم مواكبة للتطور في كلية العلوم بجامعة النيلين، تم إنشاء مدرسة الكيمياء والتكنولوجيا الكيميائية والتي ضمت قسمي الكيمياء  والتكنولوجيا الكيميائية  في العام 1998م وفي إطار السياسة التطورية لكلية العلوم والتقانة ومواكبة للمناهج التي تدرس على المستوى العالمي والإقليمي وربطاً للقسم بالمجتمع المحيط حيث تدرس بالقسم  مواد ذات علاقة وطيدة بالمجتمع وقد تم تحديث المناهج وتطويرها في العام 2010م. يقوم  قسم الكيمياء بتدريس الكيمياء لكل الكليات العلمية بالجامعة. ويوجد بقسم الكيمياء أربعة معامل تخصصيه لتغطية كل الجانب العملي لكورسات الكيمياء لقسم الكيمياء وبقية أقسام كلية العلوم والتقانه وكذلك جميع الاقسام العلميه بجميع كليات الجامعه العلمية، وكذلك يوجد بالقسم معملين للابحاث المتقدمه المزوده باحدث الاجهزه مثل جهاز الامتصاص الذري وجهاز الكروماتوغرافيا السائله والغازيه وجهاز الامتصاصيه الجزيئيه ثنائي الحزمه وجهاز التحلل الحراري وجهاز القابليه المغنطيسيه ،هذه الاجهزه تخدم الاغراض البحثيه في شتي المجالات،ويقوم القسم بتدريس المقررات التي تؤهل الدارسين لنيل درجة الماجستير بالمقررات. و بالبحث والدكتوراة بالبحث لطلاب الدراسات العليا في جميع تخصصات الكيمياء وتطبيقاتها.