يعتبر قسم الأحياء الدقيقة والأحياء الجزيئية من الأقسام الرائدة بجامعة النيلين - كلية العلوم والتقانة ويمتاز خريجوه بالكفاءة العالية في جميع مجالات الأحياء الدقيقة والأحياء الجزيئية وتطبيقاتها. 
تأسس قسم الأحياء الدقيقة بهذا المسمى في العام 1998 كأحد أقسام مدرسة علوم الحياة ثم مواكبة للتطور في التعليم تم إنشاء مدرسة التقانة الحيوية والتي ضمت قسمي الأحياء الدقيقة والأحياء الجزيئية وقسم الكيمياء الحيوية في العام 2002م وفي إطار السياسة التطورية لكلية العلوم والتقانة ومواكبة للمناهج التي تدرس على المستوى العالمي والإقليمي وربطاً للقسم بالمجتمع المحيط حيث تدرس بالقسم  مواد ذات علاقة وطيدة بالمجتمع تم تحديث المناهج وتطويرها في العام 2012م. 
وتتميز القوى العاملة بالقسم بالكفاءة العالية والإنضباط والتفاني في خدمة القسم والكلية والجامعة بشغلهم عدد من المناصب الإدارية إلى جانب التدريس وهذا التميز أنعكس على طلاب وخريجي القسم الذين أضحوا متميزين في مجالات الأحياء الدقيقة والأحياء الجزيئية وتطبيقاتهما كل حسب موقعه.