أُنشأ قسم الليزر بجامعة النيلين في العام 2001 م كأول قسم بالسودان يمنح درجة البكالريوس مع درجة الشرف في مجال الليزر, وكان ذلك تمشيا مع تطلعات ادارة كلية العلوم والتقانه في ذلك الوقت ومواكبة للتطور الهائل في مجال العلوم والتكنولوجيا.