أنشأت جامعة النيلين (جامعة القاهرة ـ فرع الخرطوم آنذاك) قسم الرياضيات عام 1974م النواة لكلية العلوم في المستقبل. وفى عام 1991م تم انشاء المقر الحالي لكلية العلوم والذى يضم أقسام الأحياء والكيمياء و الفيزياء و الجيولوجيا بالاضافة الى قسم الرياضيات التى بدأت به الكلية. وفى عام 1993م صدر قرار سودنة جامعة القاهرة ـ فرع الخرطوم لتصير جامعة النلين. فى ذلك الوقت كانت الكلية تضم قسمى النبات والحيوان. فى يوليو عام 1997م تم ترفيع هذين القسمين الى مدرسة علوم الحياة و التي ضمت أقسام الأحياء والحشرات والطفيليات والدراسات البيئية و الكيمياء الحيوية و الأحياء الدقيقة و المختبرات الطبية. في العام 2000 انفصلت الأقسام الثلاث الأخيرة وتم دمج الأقسام الثلاثة لتصير قسم الأحياء و الدراسات البيئية في العام 2010 و الذي انقسم الى قسمى الأحياء و التقانة الاحيائية و قسم العلوم البيئية في العام 2013.