تم إنشاء قسم خاص بنظام المكتبة الآلي في العام 2010 ، حيث تم تطوير وحدة الحاسوب (سابقا ) للقيام بعملية تشغيل نظام آلي متكامل بالمكتبة ، حيث تم تطبيق نظام koha المتكامل المفتوح المصدر ، وتعتبر مكتبة جامعة النيلين اول مكتبة تطبق هذا النظام في السودان كما ساهم قسم النظام الآلي في مشروع إعتماد نظام كوها المتكامل المفتوح المصدر كنظام موحد لمكتبات الجامعات السودانية. .
مهام القسم
تتمثل مهام القسم في الاتي:
1 - تشغيل و إدارة الأنظمة الآلية بالمكتبة . حيث تستخدم المكتبة نظام ( koha ) المتكامل المفتوح المصدر لإدارة الأنشطة والمهام بالمكتبة وتستخدم نظام (Dspace ) لإدارة المحتوى الرقمي .
2 – التنسيق مع أقسام المكتبة لتفعيل خدمات النظام .
3 – إدارة الفهارس الآلية للمكتبة
4 – التنسيق بين المكتبة والفهرس العربي الموحد للاستفادة من خدمات الفهرس العربي
6- التدريب : تدريب الباحثين والمتخصصين في المجال على استخدام الأنظمة . فضلاً عن التنسيق مع مركز الحاسوب لتوفير عملية التطوير والصيانة .
يتوفر بالقسم عدد 8 اجهزة حاسوب مرتبطة الإنترنيت .