تأسست مكتبة جامعة النيلين في عام 1993 م بعد سودنة الجامعة بموجب قرار مجلس الوزراء في مارس 1993.

وكانت نواتها هي مكتبة جامعة القاهرة فرع الخرطوم التي تأسست في عام 1955 وبعد السودنة قام مدير الجامعة بانتداب بعض المتخصصين في مجال المكتبات والمعلومات للنظر في عملية إعادة تنظيم وتأهيل المكتبة. حيث كانت المكتبات في ذلك الوقت أربعة مكتبات تعمل بالنظام المغلق (Closed system)))

 وفي نهاية عام 1997 تم وضع خطة طموحة غايتها إجراء كل العمليات الفنية على كل المجموعات دون استثناء بما في ذلك الكم الهائل من المصادر الذي كان موجوداً بالمخازن وتم شراء أدوات العمل الفني من خطط تصنيف وقوائم رؤوس موضوعات باللغتين العربية والانجليزية. وتم إجراء العمليات الفنية خلال عامين وتضاعف عدد المكتبات بعد ذلك إلى (16) مكتبة واستخدم النظام المفتوح بدلاً عن النظام المغلق وتطورت المكتبة بعد ذلك مع تطور وسائل الاتصال والمعلومات فأصبحت هناك أقسام إضافية تهتم باستخدام نظم المعلومات في المكتبات. كما تم تدريب معظم العاملين على استخدام الحاسوب بكلية الحاسوب بجامعة النيلين ثم أخيراً تم فتح المكتبة الإلكترونية والتي تساهم في خدمة الباحثين عن المعلومات من خلال الانترنت وقواعد البيانات المتجددة. وقد بلغ عدد المكتبات الآن (22) مكتبة موزعة بكليات الجامعة المختلفة.